צו הפרדה ניתן על ידי בית הדין הרבני במסגרת תביעות בענייני שלום בית או גירושין. צו ההפרדה יכול להינתן כנגד כל אחד מבני הזוג, כאשר לבית הדין נראה הדבר מוצדק מסיבות שונות, והוא יינתן עד לתום התהליך - לכיוון שלום בית או לכיוון גירושין.
חשוב להבדיל בין צו הפרדה לבין צווי ההרחקה השונים - הצווים אשר מוטלים בשל התנהגות אלימה, מאיימת או לא חוקית של אחד מבני הזוג. בעוד שבמקרים כאלו הצו ניתן בכדי להגן על בן הזוג והילדים או לשמור על זכויותיהם, צו ההפרדה ניתן מטעמים של הבטחת השלמתו של התהליך או הקלה על שני בני הזוג במהלכו. לכן, צו זה לא יינתן על ידי בית משפט אזרחי, אלא על ידי בית משפט הלכתי, כלומר: בית הדין הרבני.
את צו ההפרדה יכול לבקש מי מבני הזוג, אך גם בית הדין עצמו עשוי במקרים מסוימים להחליט על כך, לאחר שהגיע למסקנה כי רק בדרך זו ניתן להגיע להסכמה כלשהי. במילים אחרות, צו הפרדה יינתן כאשר נדמה כי זהו הסיכוי היחיד להצליח להתקדם בהליך וליישב את ההדורים בין שני בני הזוג המסוכסכים. יש לציין כי אמנם מדובר כאן ב'הפרדה' בין שני בני הזוג ולא בצו הרחקה רשמי מבחינה משפטית, אך גם במקרה הזה המהלך גורר בפועל הרחקה של אחד מהם והוצאתו מהבית המשותף, לטובת שני הצדדים.
אגב, צו הפרדה יכול להינתן גם במקרים בהם אחד מבני הזוג לא ממלא את התחייבויותיו במסגרת הנישואים. כך, אם הבעל אינו מקיים יחסי אישות עם אשתו, הוא עלול להיות מורחק מהבית ומצד שני - אם האישה בגדה בבעל (ומכיוון שכך היא אסורה על בעלה), דווקא היא תורחק. גם כאן, כמו בכל הליך הקשור לתא המשפחתי, מהלך כזה ייבחן במסגרת טובתם של הילדים המשותפים. אם בית הדין השתכנע כי המהלך יועיל לילדים ובא לטובתם, הוא יבצע את ההפרדה ויורה לאחד מבני הזוג לצאת מהבית - זה שיציאתו מהבית, על פי דעת בית הדין, לא תביא לפגיעה בילדים. אם ישנה סכנה לפגיעה בילדים בצורה כלשהי, צו ההפרדה לא יינתן
